전체 글29 Restriction enzyme 제한효소 처리 실험에 대한 이야기 Restriction enzyme에 대하여 클로닝을 진행하다보면 RE cut 내지는 RE digestion, 혹은 한국어로 '제한효소 처리' 라는 단계를 접하실 수 있습니다. 이 단계는 무엇이냐 하면 제한효소를 처리해서 특정 DNA 서열을 인지한다음 특이적인 모양으로 잘라내는 단계를 말합니다. 마치 가위로 DNA를 자르는데 가위 모양이 제한효소에 따라 생긴게 조금씩 차이가 있는 것이라고 생각하면 됩니다. 제한효소는 미생물로부터 유래됩니다. 발견된 미생물의 이름을 따서 제한효소의 이름을 붙여주게 됩니다. 예를 들어 EcoRI라는 효소의 이름을 살펴보면 Escherichia coli의 RY13이라는 strain에서 발견된 I (첫번째 효소)라는 의미입니다. 발음을 한글로 적어보자면 '이코알원' 이라고 부르시.. 2022. 9. 16. 실전 transfection 방법 (Lipofectamine 2000) 사용할 시약은? 이전 포스팅에서 Transfection의 원리와 방법에 대해 간단히 설명을 하였습니다. 오늘은 실제 transfection을 lipofectamine 2000 시약을 이용해서 어떻게 진행하는지 실전 방법을 설명해 드리고자 합니다. Reagent를 이용한 transfection에는 여러가지 시약들이 출시되어 있는데, 가장 보편적으로 널리 사용되어 왔고 지금도 가장 많이 사용하고 있는 lipofectamine으로 실험 방법을 설명해 보고자 합니다. Lipofectamine은 invitrogen 브랜드 제품입니다. 93년도에 출시된 시약으로 30년 가까이 여러 논문들을 통해 충분히 검증되어 온 믿을만한 시약입니다. 단점이라고는 비싼 가격 밖에 없다고 봐도 될 정도로 성능면에서는 아주 좋습니다... 2022. 9. 16. Codon(코돈)과 translation Codon이란 무엇인가? Codon은 RNA로부터 단백질을 만드는 translation 과정을 설명할 때 등장하는 용어입니다. DNA 구성 염기 A, G, C, T(RNA 입장에서는 T대신 U로 대체됨)가 3개씩 짝을 이뤄 아미노산 1개를 결정하게 됩니다. 예를 들어 ATG(RNA 입장에서 보면 AUG)로 배열되면 이것은 Met 아미노산이 됩니다. 동시에 ATG는 start codon 즉, translation의 시작점을 알리는 codon이 됩니다. 경우의수로 따지자면 4가지 염기가 각 자리에 들어올 수 있으니 4x4x4=64개의 codon이 존재합니다. 64가지가 모두 아미노산을 결정짓는 것은 아니고 UAG, UAA, UGA 3가지 조합은 stop codon을 만들어 냅니다. Translation이 종.. 2022. 9. 15. DNA gel elution의 방법과 원리 DNA elution의 방법과 원리 DNA elution kit가 spin column 방식이라면 column 중간 부분에 하얀색 membrane이 들어있는 것을 볼 수 있습니다. 이 부분은 silica로 High salt 조건에서 bridge를 형성합니다. 보통 NaI solution 하에서 이러한 반응이 일어나는데, 그렇게 되면 Silica-Na+의 구조를 형성합니다. Na+가 노출되어 있으면서 silica에 붙어있는 형태로, Na+와 DNA의 Phosphate (-) charge가 결합하여 결국 silica에 DNA가 붙잡혀 있는 형태가 됩니다. Washing 과정 후 DW나 Tris-EDTA 등의 buffer를 흘려주면 low salt solution이기 때문에 silica-Na+ bridge가 .. 2022. 9. 14. DNA replication 과정 DNA replication에 필요한 효소들 DNA replication은 하나의 DNA로부터 2가닥의 DNA를 만들어내는 복제 과정입니다. 이 개념은 PCR을 설명할 때에 프라이머 세트를 따라 DNA가 복제되는 과정을 설명하면서 비슷한 이야기를 했었습니다. 그런데 자연적인 replication은 프라이머를 외부에서 넣어주는 PCR과는 조금 다른 면이 있습니다. DNA replication을 살펴보면 우리가 DNA를 합성해서 연장하는 데에 관여하는 효소로 잘 알고 있는 polymerase 외에도 여러 다른 효소들의 도움이 필요합니다. 오늘 소개할 효소들은 helicase와 topoisomerase입니다. Helicase와 Topoisomerase의 역할 DNA 이중가닥이 복제를 시작하기 위해서는 한 가닥.. 2022. 9. 13. 염색체 Chromosome의 세부 구조 염색체의 기본 구조 염색체와 DNA가 다른 것이 아니고, DNA가 히스톤 단백질을 감싸서 꼬아지고 압축되어 만들어진 것이 염색체(chromosome)이라는 설명을 DNA에 대한 이전 포스팅에서 소개해 드린 바 있습니다. 여기에서는 보다 자세하게 어떠한 구조로 꼬이고 압축되는 과정을 거치는지 설명해 드리고자 합니다. 우선 대부분의 진핵세포가 갖고있는 히스톤 단백질은 총 5개 입니다. H1, H2A, H2B, H3 그리고 H4입니다. 그래서 이 히스톤이 8개가 붙은 octamer를 DNA가 감싼 구조를 뉴클레오솜(Nucleosome)이라고 부르게 됩니다. 이 과정을 통해 약 6배가량 압축이 일어나는 것입니다. 다음으로는 이렇게 생성된 뉴클레오솜 사슬이 폴딩이 일어나면서 30nm fiber를 만들게 됩니다. .. 2022. 9. 8. 이전 1 2 3 4 5 다음
