Agarose gel 만들기

Agarose gel의 용도

DNA나 RNA를 전기영동하여 확인하거나 다음 실험을 위해 회수하고자 할 때 주로 사용됩니다. Agarose gel을 이용한 gel 전기영동법을 진행하고자 한다면 Agarose gel이 필요합니다.

 

Agarose gel의 재료

• Agarose
• TAE버퍼(조성은 여기로) 또는 TBE버퍼(조성은 여기로)
• EtBr 또는 EtBr 대체시약
• Gel 틀과 comb
• 전자레인지

 

Agarose gel의 농도

Agarose gel은 통상 0.8%~2% 내외로 제작합니다. 0.8%와같이 낮은 농도의 gel로 만들수록 큰 사이즈의 DNA 분리에 적합합니다. 2%에 가까운 높은 농도의 gel일수록 100-200bp 정도의 낮은 사이즈의 DNA 분리에 적합한 gel이 됩니다. 낮은 농도의 gel은 굳었을 때 상대적으로 gel이 약해서 잘 찢어질 수 있으니 주의가 필요합니다.

 

 

Agarose gel 만드는 법

1. Gel 틀을 준비하고 comb을 꽂아 둡니다. (Comb은 gel 굳히기 마지막 단계에서 꽂아도 됩니다.)
2. Gel 틀의 사이즈와 만들고자 하는 gel의 %에 따라 재료를 준비합니다. 예를들어 1% gel 30ml로 제작하고자 한다면 삼각플라스크에 30ml의 1X TAE를 넣고 Agarose powder를 0.3g 넣어줍니다. 가열하는 과정에서 버퍼의 증발이 생길 수 있으므로 삼각플라스크 입구를 랩으로 씌워 증발을 막아주거나, 30ml보다 약간 더 버퍼를 넣어주어 증발로 인해 생기는 오차를 줄여주도록 합니다.
3. 전자레인지에 삼각플라스크를 넣고 가열합니다. 보통의 일반 가정용 전자레인지를 기준으로 1min 내외로 돌려주면 충분히 녹습니다. 충분히 녹지 않았으면 플라스크를 흔들어준 다음 다시 전자레인지를 10sec 정도씩 추가로 돌려서 마저 녹여줍니다.
4. Agarose가 온전히 녹은것이 확인되면 플라스크를 꺼내어 EtBr 또는 EtBr 대체 시약을 1:10,000의 비율로 넣고 잘 섞어줍니다. 30ml 기준으로 gel을 만들고 있다면 3ul의 시약을 넣어주면 됩니다. EtBr은 몸에 좋지 않아 최근에는 EtBr 대체 시약으로 사용하는 추세입니다. EtBr 대체 시약들도 대부분 10,000X로 제조되어 판매됩니다. 혹시 다른 비율의 stock solution을 사용하신다면 제조사에서 권장하는 농도에 맞게 사용하시면 됩니다.
5. Gel 틀에 Agarose를 녹인 용액을 부어주고 굳혀서 사용합니다. 보통 20-30분 정도면 온전히 굳어 사용할 수 있습니다. Gel 틀에 부어준 다음 기포가 생긴 경우는 굳기 전에 기포를 제거해 주도록 합니다.

 

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